wade20250715/dsh-pubmed

PubMed deep-research toolset: literature search, author investigation, same-name disambiguation, institution statistics and mentor-student matching.

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What it does

PubMed deep-research toolset: literature search, author investigation, same-name disambiguation, institution statistics and mentor-student matching.

Best for

  • Biomedical researchers who need literature searches against PubMed.
  • Investigations of an author's publications, affiliations, or possible same-name records.
  • Institution-level publication statistics and mentor-student coauthorship checks.
  • Workflows checking PubMed records for retractions or research-misconduct indicators.

Not ideal for

  • High-throughput jobs that require more than three NCBI requests per second; the plugin enforces a 350 ms throttle.
  • Author searches where records contain initials only, which can cause full-name queries or coauthorship matching to miss results.
  • Cases requiring exact institution-name matching, because PubMed affiliation search is term-based and spelling variants may be missed.
  • Research outside PubMed's biomedical literature coverage.

README

dsh-pubmed

DeepSeek Harness 的 PubMed 深度检索工具集。七个工具，全部走 NCBI E-utilities 公共接口，零 API key、零本地重依赖。

为什么做这个

dsh 生态里学术检索插件清一色是 arXiv / dblp / OpenAlex / Crossref（偏计算机与综合方向），没有一个专注 PubMed 这个生物医学权威库。本项目补上这个空位，并把”深度调查”能力带进来——不止搜文献，还能查作者、做同名消歧、统计机构发文、匹配导师学生、核查撤稿。

工具清单

工具 作用 关键参数
pubmed_search 文献检索，返回命中数与 PMID 列表 query（支持 [Author]/[Affiliation] 等字段标签）、retmax、sort、mindate、maxdate
pubmed_fetch 批量拉取文献元数据（标题/期刊/年份/作者/DOI） pmids（逗号分隔）
pubmed_author 作者发文调查 fullname（全名拼音）、affiliation（可选）、retmax
pubmed_disambiguate 同名作者消歧（按机构区分） fullname、affiliation、retmax
pubmed_institution 机构发文统计（含逐年分布） institution、mindate、maxdate、retmax
pubmed_mentor_match 导师-学生共同署名匹配 mentor、student、affiliation（可选）
pubmed_retraction 撤稿 / 学术不端核查 query（人名或主题）、retmax

安装

dsh plugin --profile web add <本仓库地址或 npm 包名>

本地开发时可用 file 协议：

dsh plugin --profile web add file:/path/to/dsh-pubmed

装完后重启 dsh 即可，工具会出现在 agent 的工具列表里。

使用示例

帮我查一下作者 "Zhang Wei" 在 PubMed 发了多少篇

→ agent 会依次调用 pubmed_author（查发文量）、pubmed_disambiguate（按机构消歧）。

查一下四川大学 2026 年发了多少篇 PubMed 论文，按年份分布

→ pubmed_institution。

这个作者有没有被撤稿的记录？

→ pubmed_retraction。

重要提示：中文作者检索

PubMed 对中文作者用「姓前名后」的全名拼音索引。查”张伟”要写 Zhang Wei，而不是 Wei Zhang。这是 PubMed 的索引规则，不是本工具的问题。

安全

  • 本插件只请求 eutils.ncbi.nlm.nih.gov（NCBI 公共接口），不需要、也不读取任何 API key。
  • 不读取你的 DeepSeek 凭据，不做任何网络请求到第三方。
  • 代码零运行时依赖（Node 内置 fetch），无 npm 子依赖注入风险。

已知限制

  1. 限速：NCBI 要求每秒 ≤3 次请求，本插件内置 350ms 节流。大批量检索会相对慢，这是遵守 NCBI 规则的必要代价。
  2. 作者全名索引：[Author] 检索依赖 PubMed 的 ForeName 全拼索引，少数只以缩写（如 Shen H）索引的作者会漏。pubmed_disambiguate 已用 efetch 拿全名+机构做精确匹配，规避了这个问题；pubmed_mentor_match 基于 esearch 交集，极端情况下可能漏掉个别共同署名。
  3. 机构过滤精度：[Affiliation] 是词级检索而非子串检索，机构名写法不同可能导致漏检。建议先用宽泛查询，再用 pubmed_disambiguate 精确核对。

许可

MIT

Frequently Asked QuestionsFAQ

Use the verified command dsh plugin --profile default add github:wade20250715/dsh-pubmed in a DSH-enabled shell. The command resolves the public package metadata and keeps the plugin attached to the catalog identity shown on this page.

tt-a1i/archify#integrations/deepseek-harness★ 14,012

Generate validated, self-contained interactive architecture, workflow, sequence, data-flow, and lifecycle diagrams from repositories or system descriptions.

MIT
liustack/modlens★ 2,925

Vision bridge for text-only models: paste an image, get structured JSON evidence (OCR, layout, semantics).

MIT
GanyuanRan/Aegis★ 1,048

Software-engineering method pack for coding agents, with skills for baseline-first planning, systematic debugging, prompt hygiene, verification before completion, and repair/retirement tracking.

MIT
ysr666/dsh-vision-router★ 680

Free vision for text-only agents: built-in keyless vision chain plus pixel tools (Q&A, grounding, crop, pixel diff, colors, OCR, SVG trace, cutout, screenshots); paste an image to use it.

MIT