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PubMed 深度科研工具集：文献检索、作者调查、同名消歧、机构统计与师承匹配。

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功能介绍

PubMed 深度科研工具集：文献检索、作者调查、同名消歧、机构统计与师承匹配。

适合

  • 需要检索 PubMed 文献的生物医学研究人员。
  • 调查作者发文、所属机构或同名记录的工作流。
  • 需要机构发文统计或导师与学生共同署名核查的场景。
  • 需要检查 PubMed 撤稿或学术不端相关记录的工作流。

不适合

  • 要求每秒超过三次 NCBI 请求的高吞吐任务，因为插件内置 350 毫秒节流。
  • 记录中只有姓名缩写的作者检索，因为全名查询或共同署名匹配可能漏项。
  • 要求机构名称精确匹配的场景，因为 PubMed 机构检索按词项工作，名称变体可能漏检。
  • 超出 PubMed 生物医学文献覆盖范围的研究。

README

dsh-pubmed

DeepSeek Harness 的 PubMed 深度检索工具集。七个工具，全部走 NCBI E-utilities 公共接口，零 API key、零本地重依赖。

为什么做这个

dsh 生态里学术检索插件清一色是 arXiv / dblp / OpenAlex / Crossref（偏计算机与综合方向），没有一个专注 PubMed 这个生物医学权威库。本项目补上这个空位，并把”深度调查”能力带进来——不止搜文献，还能查作者、做同名消歧、统计机构发文、匹配导师学生、核查撤稿。

工具清单

工具 作用 关键参数
pubmed_search 文献检索，返回命中数与 PMID 列表 query（支持 [Author]/[Affiliation] 等字段标签）、retmax、sort、mindate、maxdate
pubmed_fetch 批量拉取文献元数据（标题/期刊/年份/作者/DOI） pmids（逗号分隔）
pubmed_author 作者发文调查 fullname（全名拼音）、affiliation（可选）、retmax
pubmed_disambiguate 同名作者消歧（按机构区分） fullname、affiliation、retmax
pubmed_institution 机构发文统计（含逐年分布） institution、mindate、maxdate、retmax
pubmed_mentor_match 导师-学生共同署名匹配 mentor、student、affiliation（可选）
pubmed_retraction 撤稿 / 学术不端核查 query（人名或主题）、retmax

安装

dsh plugin --profile web add <本仓库地址或 npm 包名>

本地开发时可用 file 协议：

dsh plugin --profile web add file:/path/to/dsh-pubmed

装完后重启 dsh 即可，工具会出现在 agent 的工具列表里。

使用示例

帮我查一下作者 "Zhang Wei" 在 PubMed 发了多少篇

→ agent 会依次调用 pubmed_author（查发文量）、pubmed_disambiguate（按机构消歧）。

查一下四川大学 2026 年发了多少篇 PubMed 论文，按年份分布

→ pubmed_institution。

这个作者有没有被撤稿的记录？

→ pubmed_retraction。

重要提示：中文作者检索

PubMed 对中文作者用「姓前名后」的全名拼音索引。查”张伟”要写 Zhang Wei，而不是 Wei Zhang。这是 PubMed 的索引规则，不是本工具的问题。

安全

  • 本插件只请求 eutils.ncbi.nlm.nih.gov（NCBI 公共接口），不需要、也不读取任何 API key。
  • 不读取你的 DeepSeek 凭据，不做任何网络请求到第三方。
  • 代码零运行时依赖（Node 内置 fetch），无 npm 子依赖注入风险。

已知限制

  1. 限速：NCBI 要求每秒 ≤3 次请求，本插件内置 350ms 节流。大批量检索会相对慢，这是遵守 NCBI 规则的必要代价。
  2. 作者全名索引：[Author] 检索依赖 PubMed 的 ForeName 全拼索引，少数只以缩写（如 Shen H）索引的作者会漏。pubmed_disambiguate 已用 efetch 拿全名+机构做精确匹配，规避了这个问题；pubmed_mentor_match 基于 esearch 交集，极端情况下可能漏掉个别共同署名。
  3. 机构过滤精度：[Affiliation] 是词级检索而非子串检索，机构名写法不同可能导致漏检。建议先用宽泛查询，再用 pubmed_disambiguate 精确核对。

许可

MIT

常见问题常见问题

在启用了 DSH 的终端中执行已验证命令 dsh plugin --profile default add github:wade20250715/dsh-pubmed。命令会解析公开 package 元数据，并保持插件与本页展示的目录身份一致。

tt-a1i/archify · integrations/deepseek-harness★ 14,012

从仓库或系统描述生成经过校验的自包含交互式架构图、流程图、时序图、数据流图和生命周期图。

MIT
liustack/modlens★ 2,925

为纯文本模型架起视觉桥梁：粘贴图片，输出结构化 JSON 证据（OCR、版面、语义）。

MIT
GanyuanRan/Aegis★ 1,048

面向编码 Agent 的软件工程方法包，提供基线优先规划、系统化调试、提示词卫生、完成前验证，以及修复/退役双轨跟踪技能。

MIT
ysr666/dsh-vision-router★ 680

为纯文本 Agent 提供视觉能力：内置免 Key 视觉链 + 像素级视觉工具（看图问答、定位、裁剪、像素对比、取色、OCR、矢量化、抠图、截图）；粘贴图片即可用。

MIT